为了进一步加强对自然保护区的管理，做好保护区人工林和次生林生态系统的保护，应坚持保护与可持续发展并重，在积极保护的基础上合理利用自然资源开展必要的科研和调查活动，进一步探索九龙山自然保护区可持续发展的有效途径。据此划分出4块试验区，面积为409.0 hm2，占保护区面积的29.2%。
1、泗涧沟试验区：位于保护区东北端，亚博拜仁合作伙伴办公区的南侧，包括泗涧沟和西沟流域，面积144.5 hm2，占试验区面积35.5%。
2、九龙庙试验区：位于保护区中部，九龙庙南侧，是上九龙庙的主要通道，面积46.4 hm2，占试验区面积的11.3%。
3、草帽山试验区：位于保护区东南部，包括草帽山的中上部区域，面积82.1 hm2，占试验区面积的20.1%。
4、王家洞试验区：位于保护区南端，与草帽山试验区隔中门寺沟相望，北侧近临门头沟区东辛房街道办，面积136.0 hm2，占试验区面积的33.3%。
